Den viktigste forskjellen er at en CT-maskin bruker røntgenstråler, mens en MR-maskin sender ut radiobølger i et magnetfelt. CT gir heller ikke like god kontrast som MR. Begge undersøkelsene er helt smertefrie for pasienten.
Det er den medisinske problemstillingen som avgjør hvilken maskin som egner seg best i hvert enkelt tilfelle.
| CT | MR | |
|---|---|---|
| Teknologi | Røntgenstråler | Magnetfelt og radiobølger |
| Risiko | Stråling | Ikke for dyr med pacemaker |
| Selve opptaket | Under ett minutt | 20–40 minutter |
| Bløtvev | Begrenset oppløsning | Svært detaljert |
| Skjelett | God fremstilling av bein | Mindre detaljert |
| Kontrast | Lavere kontrast i bløtvev | Høy kontrast i bløtvev |
| Hjerne | Mindre detaljert | Overlegen fremstilling |
| Ryggmarg og nerver | Begrenset | Tydelig anatomi |
| Ledd | Begrenset detalj | Utmerket detalj |